Ha luogo nella prima metà del mese di gennaio in scuole polo a carattere approssimativamente regionale. Le studentesse e gli studenti selezionate/i dagli organizzatori a partire dai risultati della prova di Istituto, affrontano singolarmente una prova monotematica di biologia/chimica/fisica a seconda del ruolo ricoperto nel team vincitore della gara di Istituto.

Per le edizioni 2021, 2022 e 2023 ciascun team di istituto ha svolto la prova AUPDN nella propria sede scolastica in video collegamento con il comitato organizzatore EOESit.